Справившись с Боузером и вернув спокойствие в Бруклин, Марио думал, что трудности позади. Однако вскоре выяснилось — угроза лишь изменила форму. Коварный клан Варио объединил усилия с Боузером-младшим, вынашивая амбициозную и опасную идею. Их цель — ни много ни мало — подчинить себе весь мир.
Теперь Марио не может действовать в одиночку. На помощь приходят верные союзники, готовые поддержать в любой ситуации. К команде присоединяется и добродушный, но отважный Йоши. Вместе им предстоит разработать стратегию, чтобы остановить зловещий союз. Каждый их шаг — это попытка сорвать тщательно продуманные планы захватчиков, пока не стало слишком поздно. Битва за будущее мира вступает в решающую фазу.